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微生物研究所是直属于中国科学院的目前国内最大、学科最齐全的综合性微生物学专业机构，也是具有雄厚基础、强大实力和广泛影响的综合性微生物学研究机构，现由微生物资源前期开发国家重点实验室、植物基因组学国家重点实验室（与中国科学院遗传与发育生物学研究所共建）、真菌学国家重点实验室、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室、中国科学院微生物生理与代谢工程重点实验室五个研究室组成。微生物研究所在微生物环境适应机制、微生物群落生态功能、真菌起源与进化、微生物次级代谢合成调控、生物基燃料及材料生物合成途径、致病性真菌形态发生及致病机理、植物病毒-虫媒载体-植物间互作机制、流感病毒致病机理、T体细胞免疫等研究上均有重要甚至重大斩获，在流感病毒装配模式、在小麦抗病关键生物技术研究上取得的成果堪称国际水准。微生物研究所
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