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上海海事大学信息工程学院下设计算机科学系、电子工程系、信息基础教学部、实验中心、航运信息工程研究所和航运信息技术研究所。现有5个本科专业，信息管理与信息系统二级学科博士点，3个一级学科硕士点，7个学术型硕士点，3个专业型硕士点。目前学院建有水声传感器网络实验室、智能海事网络实验室、水下信息处理实验室、机器视觉实验室。上海海事大学信息工程学院现有教职员工119名，其中专任教师89名，含博士学位获得者62名；在校本科生1700余人，研究生210余人。
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